Katolickie Liceum Ogólnokształcące im. Papieża Jana Pawła II w Biłgoraju istnieje od 1999 roku. W czerwcu tego roku, podczas pielgrzymki do Ojczyzny, Jan Paweł II odwiedził Diecezję Zamojsko-Lubaczowską, a nasza szkoła stała się wotum wdzięczności dla Ojca Świętego za Jego wielki pontyfikat i wizytę na zamojskiej ziemi. Placówka powstała z inicjatywy prywatnej spółki "Credo", której właścicielami byli Barbara i Bogdan Serafin oraz Mirosław Tujak. 

Rozpoczynając funkcjonowanie szkoły, nauczyciele  wraz z uczniami i ich rodzicami udali się do Ojca Świętego. Na specjalnej audiencji w Castel Gandolfo założyciele szkoły wręczyli Papieżowi tarczę nowopowstałej placówki, a Jan Paweł II udzielił wszystkim błogosławieństwa i ofiarował szkole pamiątkowy medal wybity z okazji rocznicy pontyfikatu. To było ogromne przeżycie dla wszystkich obecnych na audiencji, a atmosfera podczas tego wyjątkowego spotkania  pozostała na zawsze w sercach jego uczestników. 

Ojcem-założycielem szkoły katolickiej w Biłgoraju był J. E. Ks. Bp Jan Śrutwa. Pierwszym dyrektorem placówki został ks. dziekan Jan Maksim, a funkcję jego zastępcy pełniła do 2005 roku p. Barbara Serafin. 

1 września 1999 roku 48 dziewcząt i chłopców rozpoczęło naukę w jednej klasie gimnazjum i w dwóch oddziałach liceum ogólnokształcącego. Pierwsze  uroczyste ślubowanie uczniów miało miejsce 16 października tegoż roku. Od tamtego czasu w rocznicę wyboru Karola Wojtyły na Stolicę Piotrową co roku obchodzone jest Święto Patrona. Z tej okazji społeczność szkoły odwiedza Ordynariusz Diecezji ks. biskup, a kolejne roczniki pierwszoklasistów składają uroczyste ślubowanie. Jest to jeden z najważniejszych dni w kalendarzu KLO.

W roku szkolnym 2005/2006 katolickie liceum zostało przekształcone w placówkę publiczną. Od tego czasu szkoła tworzy co roku dwa oddziały (z niewielkimi wyjątkami, gdy była jedna lub nawet trzy klasy równolegle). Liczba uczniów oscyluje w granicach 230 uczniów. Szkoła podjęła się też kształcenia osób z niepełnosprawnościami, co ułatwia posiadanie windy i zatrudnienie specjalistów do pracy z uczniami o specjalnych potrzebach edukacyjnych. 

Jesteśmy szkołą kameralną, więc zapewniamy indywidualne podejście do wspierania rozwoju każdego ucznia, szanując jego godność i podmiotowość.