W lutym 1949 roku kierownik Z. Ratyński został przeniesiony do pracy w Kuratorium Oświaty w Olsztynie, a kierownictwo Szkoły Podstawowej nr 3 powierzono Aleksandrowi Chwatowowi, który sprawował tę funkcję tylko do roku 1950. We wrześniu tego roku kierownikiem szkoły został Stanisław Dziurkiewicz. Zwracał on szczególną uwagę na pracę kół zainteresowań oraz organizacji harcerskiej. Wystąpił z wnioskiem do Wydziału Oświaty o budowę nowej szkoły. W 1952 roku rozpoczęła swoją działalność świetlica szkolna, która objęła opieką dzieci z klas najmłodszych oraz rodzin niepełnych.

We wrześniu 1954 roku kierownikiem szkoły został ponownie Aleksander Chwatow, ale już w roku 1955 funkcję sprawował Jan Przybysz. W tym czasie szkoła przeszła z parteru na piętro i oddzieliła się od istniejącej w tym budynku szkoły zawodowej.

Następnym kierownikiem szkoły został Jerzy Kownacki, było to we wrześniu 1958 roku. Obowiązki zastępcy kierownika pełniła wówczas Amelia Miecznikowska, która przepracowała w "trójce" ponad 30 lat. W tym czasie szkoła rozrastała się, przybywało uczniów ( w 1968 r. było ich 873 uczących się w 27 oddziałach). Dzieci uczyły się na dwie, a później na trzy zmiany. Lekcje kończyły się o godzinie 17.

W 1966 roku po licznych staraniach władz oświatowych rozpoczęto budowę nowego budynku. 20 września 1969 r. oddano go do użytku. Mieścił się on przy ulicy PKWN 4 ( obecnie ul. Piłsudskiego). W dniu otwarcia szkoła posiadała 17 sal lekcyjnych, w tym gabinet fizyczno-chemiczny, biologiczny, dwie pracownie zajęć praktyczno-technicznych. W dniu przeprowadzki liczba uczniów sięgała prawie 1000.

W 1971 roku dyrektorem Szkoły Podstawowej nr 3 została Alina Smolińska. W latach siedemdziesiątych szkoła szybko się rozwijała: nastąpiła wymiana sprzętu szkolnego, uzupełniono pomoce naukowe, powstały nowe gabinety przedmiotowe, zwiększyła się liczba pracowni nauczania początkowego, biblioteka wzbogaciła się o nowe książki pedagogiczne i popularnonaukowe. 27 kwietnia 1978 r. oddano do użytku Izbę Pamięci. Nadano szkole imię Janka Krasickiego, wręczono sztandar i odsłonięto tablicę pamiątkową; uroczystość odbyła się 18 września 1979 roku.

W 1986 roku, po odejściu A. Smolińskiej na emeryturę, funkcję dyrektora szkoły objęła Elżbieta Dziergacz. W tym roku nastąpiły dalsze zmiany w szkole: zwiększyła się liczba pracowni, utworzono pracownię plastyczną i komputerową, wyposażoną w sześć komputerów, drukarkę i stację dysków. W 1987 roku bardzo uroczyście obchodzono jubileusz 40-lecia szkoły. Od 4 września 1988 roku Szkoła Podstawowa nr 3 zajmowała dwa budynki: jeden przy ulicy PKWN 4, gdzie uczyły się dzieci klas IV-VI oraz nowo powstały przy ul. Chrobrego 5 dla uczniów klas I-III. Od tej pory potocznie nazywano "trójkę" małą i dużą.

Wydarzenia polityczne 1989 r. miały wpływ na zmiany, jakie zaszły w naszej szkole. W kwietniu 1991 r. decyzją Rady Pedagogicznej szkoła została pozbawiona patrona, usunięto tablicę pamiątkową z budynku szkoły. Koniec lat osiemdziesiątych oraz lata dziewięćdziesiąte to czas największej liczby uczniów w szkole; w 1993 r. było ich aż 1656 w 57 oddziałach, kadra pedagogiczna - to około 100 nauczycieli dobrze wykształconych i stale podnoszących swoje kwalifikacje. W tym czasie w szkole prężnie działały różne organizacje (LOP, LOK, PCK, SKS, SKKT), na uwagę zasługują też klub ekologiczny (działający od IX 1992 r.) i teatrzyk "Bąbel"(od 1989 r.). W 1993 r. utworzono bibliotekę dla klas I - III, mieszczącą się w budynku przy ul. Rycerskiej 5. W tym samym roku rozpoczęła się realizacja programu edukacyjnego dla klas I - III poruszającego problematykę higieny jamy ustnej pt. "Start! Cel - śnieżnobiały uśmiech".

W 1994 roku nasza szkoła jako jedna z pierwszych w Ostródzie wprowadziła nauczanie integralne w klasach I - III. Lata dziewięćdziesiąte to szereg sukcesów szkoły. Nasi uczniowie zajmowali bardzo dobre miejsca w konkursach przedmiotowych, artystycznych, osiągali wysokie wyniki podczas egzaminów do szkół średnich.

W roku 1996, po odejściu E. Dziergacz na emeryturę, dyrektorem szkoły została Wiesława Szczygielska. Zaczęło ubywać uczniów i choć w 1997 r. było ich jeszcze 1324 w 46 oddziałach, widoczne stawały się skutki niżu demograficznego. W październiku tego roku obchodzono bardzo uroczyście 50-lecie istnienia szkoły, z tej okazji została wydana monografia szkoły. Rok później, 20 listopada 1998 roku, "mała trójka" świętowała 10-lecie swojego istnienia.

Reforma oświaty w 1999 roku dokonała dużych zmian w szkolnictwie. Ośmioklasową szkołę podstawową zamieniono na sześcioklasową i trzyletnie gimnazjum. W budynku przy ulicy Piłsudskiego 4 mieściła się odtąd nowo utworzona placówka - Gimnazjum nr 1, natomiast siedziba Szkoły Podstawowej nr 3 została przeniesiona na ul. Rycerską 5. Dotychczasowy dyrektor szkoły W. Szczygielska objęła funkcję dyrektora Gimnazjum nr 1, natomiast dyrektorem SP 3 została Mariola Jarmołowicz. Zmniejszono obwód szkoły ze względu na warunki lokalowe. W 1999 roku w szkole uczyło się 849 uczniów w 31 oddziałach. . Dzieci stopniowo ubywało. Dwa lata później "trójka" liczyła już tylko 522 uczniów. Stała się istotnie niewielką, kameralną szkołą.

Początek XXI wieku to szereg działań podejmowanych przez szkołę, by uczniowie realizowali się nie tylko intelektualnie. Zapoczątkowano imprezy, spotkania, przeglądy, które, mając swój początek w latach 2000 - 2003, są kontynuowane do dziś: festyn szkolny odbywa się co roku w maju lub czerwcu, zimą każdego roku organizuje się Przegląd Teatrów Dziecięcych dla Szkół Podstawowych, bierzemy udział w programie promocji zdrowia, w październiku organizujemy Dni Papieskie oraz Międzyszkolny Konkurs Piosenki Religijnej. Wejście Polski do Unii Europejskiej "trójka" uczciła imprezą pt. "Jestem Polakiem - jestem Europejczykiem".

W 2003 roku szkoła otrzymała certyfikat  - "Szkoła z klasą".

21 kwietnia 2006 r. odbyło się uroczyste otwarcie nowej pracowni komputerowej sfinansowanej przez Europejski Fundusz Społeczny.

17 maja 2006 r. rozpoczęła się budowa sali gimnastycznej przy szkole.

16 października 2007 r. w rocznicę 60 – lecia istnienia placówki szkoła przyjęła na Patrona imię Jana Pawła II. Podczas tej uroczystości została oddana do użytku nowa sala gimnastyczna.
16 października 2009 r. w 2. rocznicę nadania szkole imienia odbyła się uroczystość przyjęcia przez nią sztandaru.

Szkoła otrzymała 4- krotnie certyfikat „Szkoła Promująca Zdrowie” w latach 2003, 2006, 2010 i 2013.

OSIĄGNIĘCIA UCZNIÓW W ROKU SZKOLNYM 2021/2022

 Zajęcia komputerowe