Najstarsze notatki dotyczące istnienia Szkoły Powszechnej w Paczkowie sięgają 1904 roku. Jest to rok budowy obiektu szkolnego. Początkowo była to szkoła dla Niemców, wyznania ewangelickiego z najbliższej okolicy. Pierwszym nauczycielem w latach 1904-1919 w tej placówce był Klingbeil.
Polskie dzieci dopiero w 1922 roku doczekały się w Paczkowie szkoły katolickiej. Pierwszym polskim nauczycielem był Paweł Matysik— Ślązak z pochodzenia. Uczył w tej szkole do roku 1925. Przez kolejne dwa lata uczyła w Paczkowie pani Helena Bujakowska, a następnie do roku 1939 i w latach 1945-1946—pan Edmund Mielcarkiewicz.
W zimie 1936 roku przez Paczkowo przejeżdżał prezydent Polski Ignacy Mościcki, który zatrzymał się na stacji kolejowej, gdzie dzieci wraz z wychowawcą miały okazję spotkać się z tak dostojnym gościem. Podczas okupacji szkoła była nieczynna. Po wojnie otwarto ją dnia 20 kwietnia 1945 roku. Początkowo szkoła mieściła się w budynku przy ulicy Szkolnej 14, a od roku 1958 w budynku podworskim, którego właścicielem przed wojną był Ernst Jeske. W latach 1947-1966 kierownikiem szkoły był pan Zygmunt Szymański. Następnie funkcję dyrektora pełnił do 1991 roku pan Witold Kubiak. W latach 1991-1998 dyrektorem był pan Krzysztof Bestry.

W roku 1995 r. szkoła została rozbudowana. Do budynku podworskiego dobudowano pomieszczenia, w których znalazły się dwie sale lekcyjne oraz sanitariaty (dotychczas były na dworze). Przy budynku szkoły powstało nowe boisko. Wykonano płot dookoła szkoły. W szkole powstała, pierwsza w gminie Swarzędz, sala komputerowa z dostępem do internetu oraz strona internetowa szkoły. Wyremontowano też budynek przy ul. Szkolnej 14, gdzie mieściła się zerówka.

Od 1 września 1998 roku do 31 sierpnia 2009 r. dyrektorem szkoły była pani Maria Rydel. Od stycznia do czerwca 2009 r. (z powodu choroby pani Marii Rydel) obowiązki dyrektora pełniła pani Iwona Kubiak. W 2003 roku przy ulicy Szkolnej 16 zbudowano nową salę gimnastyczną. Od roku 2004 do 2019 placówka w Paczkowie była Zespołem Szkół, składającym się ze Szkoły Podstawowej i Gimnazjum.
W roku szkolnym 2007/2008 szkoła otrzymała nową pracownię komputerową oraz centrum multimedialne.

1 września 2009 r. dyrektorem szkoły została pani Małgorzata Szomek. 2 czerwca 2010 r. otwarto nowoczesny i bezpieczny plac zabaw przy ul. Szkolnej 14 dla najmłodszych dzieci. 24 września 2010 r. nastąpiło uroczyste otwarcie wielofunkcyjnego boiska sportowego w ramach programu Moje boisko ORLIK 2012 wraz z szatniami.
Od lutego 2010 r. uczniowie i nauczyciele korzystali z tablicy interaktywnej znajdującej się w świetlicy szkolnej, a od stycznia 2011 r. do dyspozycji była druga tablica interaktywna, która została ufundowana przez Radę Rodziców Zespołu Szkół w Paczkowie.

1 czerwca 2012 r. został wmurowany kamień węgielny pod budowę nowego budynku szkoły na ul. Szkolnej 16. 1 września 2013 r. nastąpiło oddanie do użytku nowoczesnego budynku. Mieszkańcy Paczkowa i okolic przyjęli ten fakt z wielką radością. Tłumnie przybyli na zorganizowane w pierwszą sobotę września drzwi otwarte, aby zobaczyć ten długo wyczekiwany budynek.

Od roku 1 września 2013 r. na funkcję wicedyrektora powołano panią Małgorzatę Gronowską. Pełniła ona tę funkcję do 26 sierpnia 2019 r. W latach 2019 – 2022 wicedyrektorem była pani Dorota Jagielska – Ryszczyńska. Od 1 września 2022 r. funkcję wicedyrektora pełni pani Katarzyna Wronka.

Dnia 12 czerwca 2014 r. nastąpiło uroczyste nadanie imienia św. Jana Pawła II Zespołowi Szkół w Paczkowie.